У нас с дочерью финский шенген. Первый въезд был через Эстонию, выезд через Финляндию. В этом году была поездка Армения-Италия-Эстония у меня.

Тут дело даже не в том кем выдана виза, а в пересадке в Риге. На сколько я понимаю, пустят или нет, зависит лишь от конкретного пограничника. Если летите одной авиакомпанией, как бы единым билетом, а пересадка короткая, как у вас, то шансы быть пропущенным высоки, но не гарантированы.