Подскажите, при смене данных карточку ВНЖ в Португалии забирают или можно в период ожидания кататься по старой?

Оставляют на руках. Но в момент апрува НОВОЙ карты в системе старая будет аннулирована. То есть во всех системах шенгена, при въезде, в системе увидят, что старая карту которую. вы показываете , уже не действительна И вас не пустят.