Подскажите пожалуйста, как я могу действовать в случае, если: Хочу оформить ИП или самозанятость в Португалии , но доход я получаю из России?

Вы выставляете счета от своего португальского СЗ/ИП через портал португальской налоговой службы, и потом по ним платите налоги. Больше ничего не нужно.