У нас будет один «лишний» день в Японии, его лучше потратить на Киото (заложено 2,5 дня) или на Осаку (заложен 1 день)?

Может Нара, как раз там рядом и один день норм.

Если только из этих двух, то +день Киото.

Я бы даже больше на Киото дней заложил если бы снова планировал маршрут.