Можно ли из России в Армению прилететь по российскому паспорт а из Армении вылететь в Кишинёв по украинскому загранпаспорту.

Вы можете влететь и вылететь по одному паспорту, а влететь в другую страну по другому. И билет оформить на один паспорт (по логике на тот, который даёт право въезда в страну прилёта), а паспортный контроль на выезде по другому проходить.

Из Армении в Кишинев вы также можете вылететь по российскому паспорту .

Я думаю, что возможен вариант сотрудничества таможни РФ и Армении, я бы не рисковала.

Из России в Армению по внутреннему можете прилететь конечно же, а по какому улетать отсюда уже ваше личное дело.