У меня бизнес в Грузии. Что делать если уперся в лимит по малому бизнесу, с 1го числа платить 5%? как то иначе или подавать стандартно по 1% и в конце года будет какая-то доп декларация с доп налогом в 5% на сумму превышения?

Ничего. Если это превышение реально случайное, то просто на сумму декларирования свыше 500 к лари/год автоматически в декларациях до конца года будет идти 3% вместо 1%. Если же превысите и на следующий год, то будет лишение малого статуса. Поэтому дальше рассчитывать и заранее лучше тогда самому перейти в следующем году на общую систему налогообложения.