Подскажите, пожалуйста, если отправляться на пароме на остров Бююкада, то отправление от Эминёню? Это в районе галатского моста, верно?

На острова плывут с разных пристань, не факт что с Эминёню. А так да, он находится рядом с мостом.

Не только) можно и каракёй, Бешикташ, кадыкей, ускюдар.

Лучше с Кабаташа, спокойно садитесь в пустой паром, а далее уже он едет сначала в эминеню, в Азию и потом на острова.