В Грузии ИП малый бизнес. Пришла оплата от покупателя. Покупатель не видит в своем личном кабинете эту оплату. Как ИП зарегистрировать этот приход в личном кабинете налоговой?

В ЛК налоговой можно выставлять инвойсы только плательщикам НДС для его зачёта/возврата. Никакие оплаты другого рода в ЛК налоговой никто не видит. Они только на Ваших счетах. При этом работать Вы можете с любыми счетами и платежными системами, которые это позволяют, в том числе, и не грузинскими. Ведёте журнал учёта доходов, декларируете их и оплачиваете налоги.