Подскажите, пожалуйста, есть ли ограничение на количество пересечений границы Гонконга? Если приехать в Гонконг, из аэропорта уплыть в Макао, и таким же образом назад через два дня.

Можно так, но если будете часто практиковать, возникнут подозрения

Границу Гонконга ты можешь пересечь дважды, вьезжая в Гонконг и выезжая из него. Обусловлено евклидовой природой геометрии пространства.