Планирую лететь из Парижа в Таллин ак ЛОТ, пересадка в Варшаве. На авиасейлсе плашка что билет не подходит туристам.

Вы путаете понятия ЕС (Европейский союз) и Шенгенский союз. Но вопрос понятен. Внутри Шенгена у российских туристов не должно быть никаких проблем, ибо отсутствует пограничный контроль. Были единичные случаи в прошлом году, но потом разобрались и теперь ограничений нет в полётах внутри Шенгена для россиян. На счёт Авиаселса: посмотрите причину ограничения там.