Кто сталкивался с ситуацией когда превышен срок пребывания в Казахстане (около 100) дней, но РВП не успели сделать? Если сейчас подадим на РВП не выдворят из страны? Или лучше пойти самим оплатить штраф, а потом уже подать на РВП?

Оплатить и подать.

Если превышение до 10 дней, то оплатить штраф и подать на РВП. А если свыше 10 дней, то назначат суд, который и решит меру наказания. Как правило штраф и самостоятельный выезд. Имеют право назначить выдворение с запретом въезда на 5 лет, но пока не применяли такую меру. Только вот заехать вы потом сможете лишь через 90 дней. Поэтому просите суд разрешение на оформление РВП без выезда.