Летим из Стамбула в Италию Рим, цель далее добраться до Лиссабона, пустят ли нас?

У вас есть шенген? тогда с чего б не пустили?) летел стамбул-будапешт-лиссабон.

При перелете внутри ЕС вы не проходите паспортный контроль по прилету, у вас только qr проверят на выходе из самолета с сайта минздрава и пцр/вакцину, и сразу пойдете на выдачу багажа. Мы так летели через Грецию.

Жена (РБ, EUDCC) летела Тбилиси-Стамбул-Милан-Лиссабон, нигде ничего не спрашивали до Лиссабона.

Да, правильный маршрут. Напрямую только с прививкой.