Подскажите, не будет ли проблем для человека сойти с поезда Москва-Калининград в Кяне, если есть второй паспорт не Шенгенской зоны?

В вильнюсе нельзя выйти. Насчет второго паспорта - зависит, разрешен ли вам въезд в шенген.

Сказали , что только в Кяне.

Проблем не будет, если в нем есть как минимум шенген виза или к нему получали внж, либо он даёт безвизовый въезд.