Подскажите, если есть два диплома - бакалавриат и магистратура - апостиль необходимо ставить на последний или оба для поступления в Европу?

В зависимости от того, какой уровень образования требуется подтвердить и страны. Обычно достаточно только диплома магистра, но в некоторых вузах и странах требуют и диплом бакалавра, но это большая редкость. Для работы нужно только один апостилировать.

Смотря из какой вы страны. Если из России, то не факт что это вообще нужно. У меня двое пацанов поступали в Австрию и Словакию апостиль на дипломы не спрашивали. Нострифицировали как есть.