Подскажите пожалуйста были те кто подавал на визу Португалии 90. 2 внутри страны и диплом не совпадал с должностью в контракте?

Да. В таком случае рекомендуется 5+ лет стажа по специальности, заверенная копия трудовой + на всякий случай копии договоров и всевозможные сертификаты курсов брать с собой.

Он вообще не совпадает, разные области? Если нет, то напишите сопроводительное письмо с пояснениями что это взаимопересекающиеся сферы, можно для убедительности у текущего работодателя заверить.