Сделали NIF в Португалии, там мое полное имя с отчеством. Может ли это стать проблемой?

Но вообще в консульстве рф можно будет в Португалии уже попросить справку, что вы с отчеством это тоже самое что вы без отчества (я не шучу) =)

По приезду поменяйте в финансах.

Может быть проблемой. Идите в финансаш и просите поменять. Мне поменяли. А так в банках (и других метсах_ могут сказать раз тут с отчеством то и все остальные документы давайте с отчеством.