Если транзит в Шанхае 13 часов (летим из Мск на Филлипины одной авиакомпанией) что нужно сделать, чтобы иметь возможность выйти в город?

Сколько мной было прочитано - вывод один. Это зависит от пограничника, захочет выпустит, не захочет не выпустит.

По прилёту в Шанхай идите к окнам пограничного контроля 1-5, где написано Transfer 24/144, там у стены есть бланки на транзитную визу, заполняете их, и с билетами и документами к окнам 1-5.