Подскажите пожалуйста пустят ли в Лухамаа эстонцы в ЕС жену гражданина Венгрии со своей дочерью (обе гражданки РФ, виза С)?

Только вместе с ним.

Если дочка старше 21, то не пустят эстонцы...(даже вместе с отцом -- гражданином Венгрии). Вам лучше через Латвию въезжать тогда.