Подскажите пожалуйста! Выезжали по визаран из Черногории в Боснию, не поставили печать в паспорте. Паспорт РФ. При выезде в аэропорту будут проблемы?

На обратном въезде имеете в виду? Проблемы могут быть не в аэропорту а уже в туристической, когда пойдёте получать розовую бумажку. Я б сходил на вашем месте в полицию и на будущее всегда проверял, что *штампируют*.