Если электричка в аэропорт Вильнюса прибывает в 12: 42, а вылет в 14: 25 ( визэир, регистрация пройдена, надо сдать багаж)

Аэропорт крохотный . В целом должны успеть.

Должны успеть, но поволноваться тоже получится: электричка прибывает не в сам аэропорт, а на ж/д станцию с таким названием, и потом едет дальше. Там до аэропорта просто по улице, через дороги, надо ещё минут 10 пешего хода запланировать, а то и 15, если не знать, куда точно идти и с вещами.

Времени просто вагон. Регистрация и прием багажа заканчивается за 40 мин. Ну пусть за 60 мин. то есть в 13: 25. За 35 минут от времени прибытия электрички Вы пешком до края Вильнюса дойдете, а до аэропорта от станции идти максимум 15 минут мееедленным шагом.