Подскажите пожалуйста с Астаны на машине в Чолпон-Ату ехать через Алматы? Раньше на поезде ездили через Чу.

Да, все верно. Алматы - Курдай далее по трассе ЭМ-07.

Там всего то потерпеть километров 30 не очень хорошего асфальта после Шу. Мне кажется, не стоит оно того, чтобы крюк через Алматы делать.

Там гораздо больше неприятностей доставит ещё идущее строительство четырехполоски Астана-Алматы, но от него вы никуда не денетесь в обоих случаях. А от развилки "на Шу" - "на Алматы" в сторону Шу идёт отличное шоссе.