Т. е. если карта привязалась во всякие эппсторы, эйрбнб и прочее - значит она с 3d secure и можно не париться, да?

Нет, это ничего не говорит о 3D secure, а только о том, что она в принципе работает в интернете.

3D это когда вы инициируете генерацию пароля направляемого по смс при привязке карты или оплате с нее. Просто указав данные карты, например в букинге, это не об этом.