Подскажите, приходил участковый, спросил регистрацию в Киргизии, а я живу не по месту регистрации, будет ли штраф и как узнать, если да?

Теоретически могут оштрафовать, но скорее всего обойдется:)

Хотел бы оштрафовать- сказал бы.

Так то да. Просто мне нужно будет через пару недель поехать в Казахстан, не будет ли проблем с возвращением обратно?

Чтобы оштрафовать надо составить протокол. вы его должны подписать или обжаловать.