В чем разница виз D1 и D3? Я понимаю, что они выдаются за разные квалификации, но на что это влияет? Есть ли в дальнейшем какое-то отличие процессов для них или какие-то привелегии?

Раньше влияло на требования к подающемуся. Для д1 компания должна была зарегистрировать вакансию, искать португальцев, потом европейцев, потом писать, что она не нашла и приглашает человека из третьей страны. Для высококвала таких требований не было, но был уровень зп и доказательства (образование или опыт)