Подскажите пожалуйста я могу податься на 90.2 с рабочим контрактом в Португалии имея long-term residence EU, выданный в Латвии? Или нужно все равно через визу Д3 начинать?

Так вам не нужно ни д3 ни виза, вы можете «обменять» свой LTR на Португальский LTR.

90.2 это подача без соответствующей визы D, уже изнутри страны.

Насколько я знаю, по 90.2 можно подаваться в любом статусе. Даже если истек шенген или другая виза - то со штрафом. #90.2.