Подскажите пожалуйста безопасно ли на поезде ехать в Калининград? Через Литву проезжать надо.

А в чём опасность-то? Если вы гражданин РФ или РБ, купили билет заранее (кажется, за сутки, но может там и пара суток, не помню сейчас), то вам вместе с билетом оформляют транзитный документ для ж/д -- это отдельный листочек, на нём сам документ типа визы, и это листочик и штампуют. Никакой опасности вообще.