Зачисление на учебу планируется до сентября, соответственно, учитывая, что учеба начинается с 1 октября, документы на внж нет смысла подавать в РФ.

Когда вы сдадите документы в местную администрацию, вам дадут подтверждение (potrdilo по-словенски) и с этой бумагой, вы имеете право находиться на территории Словении, пока рассматривается ваша "заявка" на внж, в независимости от срока действия шенгена.