Подскажите, если виза репатрианта уже стоит, нужно ли делать апостиль на свидетельство о браке дедушки и бабушки (повторное, из мфц), если именно по бабушке я репатриируюсь в Израиль?

Вообще никак с визой не связано.

Апостили только на личные документы.

Надо ставить апостиль на личные документы. Ваши документы - свидетельство о рождении, о браке, свидетельство о рождении детей. Предки не нужны. Апостиль нужен МВД, там как вы понимаете, не проверяют прадедов)