По медицинской визе( оплачена операция в Берлине, есть приглашение) я смогу с дочерью из Спб до Талина, дальше до Варшавы и в Берлин выехать?

Визы не бывают медицинские. Есть С или D. По С в общем случае не пропустят, разве что конкретный пограничник "в порядке исключения", но вероятность небольшая. По D - без проблем. В вашем случае можно "крюком" через Мурманск-Норвегию, но там нужно или на своей машине, или ищите попутчика в Финляндию (там можно на поезде до Хельсинки, дальше паромом в Германию)