Если в анкете на шенген не указать другую страну шенгенской зоны, но потом с визой на руках туда поехать, могут ли быть какие-то санкции в дальнейшем?

А в ту страну, в которую визу делали заезжаете? если да, тогда всем все равно .

Не будет! Вам визу дадут на посещение шенгенских государств.

Если вы туда поедете из шенгенской страны то никаких ограничений нет. Например вы получили испанскую визу, решили что в Барселоне скучно сидеть и решили скататься во Францию. Но если вы планируете несколько раз пересекать границу шенгена, но виза должна быть мульти. Например скататься из Барселоны в Андорру. Или сначала слетать из Москвы в Испанию, вернуться домой и потом слетать ещё раз в Италию. Специально это запросить нельзя, можно только надеяться что дадут мульти.