Подскажите, если у меня закончится виза Испании до того как я получу студ визу, мне могут отказать?

Если подались за 30 дней до окончания 90/180 дней пребывания в Шенгене — это не может быть причиной.

Отказать могут, но не из-за того, что во время ожидания решения срок визы закончился.