Подскажите, пожалуйста, правило с ограничением транзита в страны евросоюза касается только условий с пересечением границы из РФ?

Тут сложно. Вроде как паспортного контроля при перелетах внутри шенгена нет. Поэтому никто отслеживать не должен. Но, формально, полиция имеет право проверить ваш паспорт. Вариант редкий но живой. В шенгене такое практикуют. Последний раз у меня проверяли паспорт, когда я ехал из Чехии в Германию в 2019. Но правила то не менялись. И вот тут могут возникнуть проблемы. Вот как то так.