Подскажите пожалуйста, если купить телефон Samsung в России, в Эстонии с эстонской симкой корректно все будет работать?

Эстонские симки отличаются от российских только дизайном и оператором.

Будет.

Аккаунт главное эстонский иметь, а то оплаты телефоном могут не работать.