Если человек летит транзитом на Бали через несколько стран невакцинировавшись, то, возможно, его не пустят на рейс в предпоследней из этих стран и придётся там прививаться?

Вас просто не посадят в самолет в первой стране вылета, вот и всё. А если рейс с транзитом с выходом в город, да, вас просто на регистрации не пустят в самолет )

Не зарегистрируют на первый рейс единого билета в Индонезию. Вакцинироваться никто заставлять не будет.