Если прилетаем в Гоа прямым рейсом Аэрофлота, обратного только чартерным лететь можно?

Раньше строго -где влетел там и вылетай если чартер, теперь такого нет. Но лучше конечно спросить у авиакомпании, думаю они точно в курсе.

Аэрофлот это регулярка. Никаких ограничений нет.

Не будет у вас проблем. Ограничения только на вылет из Даболима на международные рейсы.

Если виза не кратная и вылетать за пределы индии не планируете, то не будет проблем, в даболиме просто все колюще режущие щипчики и зажигалки отбирают, и на вылете распечатанный билет надо, чтобы в аэропорт войти.

А про какие проблемы вы пишите ? Виза если действующая , то внутренние перелёты без проблем. А до МСК с Дели тем более проблем не должно быть.