Если сдать паспорт загран на получение визы. Можно же потом по российскому паспорту слетать в РФ? Я не до конца понимаю как проходит прохождение границы с помощью российского паспорта? Таможеннику будет достаточно внутреннего паспорта?

Да, можно, у меня так жена улетела в Казахстан по российскому паспорту. На паспортном контроле спросят скорее всего дату въезда и куда дели паспорт по которому въехали. Скажете что отдали на шенген в BLS Spain и все. Upd: если кто вдруг полетит так же: у нее сотрудник паспорт забрал и отходил с ним куда-то, видимо уточнять можно ли влетать в Казахстан из Армении. В итоге можно, и даже можно из Казахстана в Киргизию на машине, так что не переживайте кто собирается так же перемещаться)