Криво посчитали даты и влетели на оверстей в один день в Малайзии Пограничники пропустили. Вопрос - будут какие-то проблемы в дальнейшем? При новом въезде или получении визы.

Для визы это вряд-ли влияет Но при визаране могут прикопаться.

Да могут быть. Пограничники обычно вносят эту информацию в базу данных. И это часто снижает шанс повторной выдачи туристического штампа. Поэтому рекомендуют и я также писал несколько раз тут выезжать за 2-3 дня до предполагаемой даты.