Слышал что япония ввела ограничения на вывоз валюты до 100 тысяч иен, 700 долларов примерно это распространяется на граждан России или на всех? А если рейс из Японии в любую другую страну не Россию, то ограничений по сумме нет?

Только на граждан России. Прямых рейсов из Японии в Россию и так нет. На практике, как правило, под досмотр попадают пассажиры, следующие в Дубай, Абу-Даби и Стамбул. Думаю, в скором времени ещё Ташкент добавится. Если лететь куда-нибудь в Корею или Зимбабве, то досмотра не будет с вероятностью 99%.