собираюсь на Бали в апреле через Гонконг, а сертификат прививочный начинает действовать с середины апреля, меня не впустят в страну? везде пишут, что никто на сертификат не смотрит.

Вас не пустят на этапе посадки в самолёт По прилёту практически никто не смотрит.

Я прилетела на Бали в конце февраля, в аэропорту Бали у меня попросили сертификат для оформления визы.

Смотрят на сертификат. Если у кого-то не посмотрели, то это же не значит, что и у вас не посмотрят. Дело случая. Не смотрят на "старость" сертификата, а то, что должно пройти 14 дней вам ещё на посадке в первом пункте вылета скажут.