возможно ли будет поехать домой во время ожидания получения резиденции Португалии ? Может можно бумагу будет какую-нибудь взять, что можно выехать и въехать обратно?

Если шенгенская виза уже кончилась или нарушена, то нельзя. Бумага (manifestação de interesse) валидная только внутри Португалии, границу с ней не пересечешь.

Вам бы конечно лучше было бы рабочую визу D делать, а не идти по 88 статье. Не получится жену быстренько к вам в Испанию воссоединить? Чтобы оттуда на визу податься.