Если у нас родится девочка, то куда надо обратиться , чтобы ей не написали фамилию отца без «а» на конце (Иванов, вместо Иванова)?

Тут уже все знают это, спокойно дописывают.

Сейчас в большинстве Регистро сивиль требуют с переводчиком приходить при получении СоР. Как раз чтобы не было такого. Но вообще давно уже разрешили писать фамилии девочкам с "а" в конце.