Отправил документы на ВНЖ в Португалии по статье 89. 2. Ждать очень долго, шенген кончился, надо съездить в Россию.

Нету таких способов. Если у вас критическая ситуация, типа смерти/тяжелой болезни и тд - можно наверное попросить в миграционной службе Португалии возможность такой поездки, но это уже на их усмотрение. Чтобы не закрыли ваш кейс. Но чтобы вернуться - придется все равно получать шенген.

Без вариантов, как только Вы без разрешения sef покинете пределы страны, процесс сразу прекратится.