Пустят ли меня в Эстонию с дочкой, если у меня долгосрочный ВНЖ( но живу и работаю в России, езжу в Эстонию раз в год летом) , а у дочери ( 16 лет)

Теоретически ребёнка нельзя разлучать с родителем по конвенции о правах детей, которую Эстония ратифицировала. Но плевать отдельные пограничники хотели на конвенцию (случаи были). Скажут, что она - турист, и куку. Или не скажут. В общем, 50/50 у вас, по моему.

Если регистрация в Эстонии есть, то пустят. Мы так ездим.