Пытаюсь разобраться с NHR. Если я оформлен в it компании в стране с которой нет соглашения о двойном налогооблажении, то какой налог мне нужно будет уплатить в Португалии? Я попаду под двойное налогооблажение?

Если вы оформлены именно по трудовому договору (доход категории А), то наличие СОИДН необязательно. Обязательные условия - это удержание подоходного налога в стране выплаты з/платы и важно, чтобы ТД был правильно оформлен, чтобы ваш доход в силу ст. 18 CIRS не считался доходом, полученным на территории Португалии. Тогда IRS будет 0%. Если эти условия не будут соблюдены, то прогрессивная шкала. Более подробно посмотрите об этом в ч. 4 ст. 81 CIRS и ст. 68 CIRS.