Кто легализовался в Португалии, расскажите, при устройстве в компанию в другой стране ЕС, как действует налогообложение?

Платите с этого дохода налог в той стране ЕС согласно её законодательству. В Португалии тоже платите, но обычно поменьше, а иногда ничего.