если я ИП в РФ, то как в этом случае оформлять больничный по беременности , если я на учете стою вообще в другой стране?

Вам нужно узнать есть ли вообще в этом смысл, там какие-то дополнительные отчисления нужно было делать год или два, чтобы потом претендовать на отпуск по БиР (мне кажется можно эти моменты у бухгалтера уточнить или он направит в нужную сторону у нужному человеку)