Скажите, пожалуйста, кто покупал недвижимость в Черногории имеет ли значение в процессе покупки то, как переводились деньги, а не откуда они, их изначальное происхождение?

Об этом с продавцом договариваетесь и все. Для нотариуса значения не имеет. Чаще всего требуют только на сделку какую-то сумму наликом принести 5-10%. Ну, у меня так было и мне так объясняли.

Платили с грузинского счета. Проблем не было.

Как угодно можно. И налом тоже. Вопрос решается сторонами договора. Часто и в РФ платят если продавец из России. А в чг оформляют по доверенности.