Если 90 дней пребывания истекают до получения ответа по получению внж, как быть?

С талоном идти в ЦОН и получить РВП на основании ожидания ответа по ВНЖ.

Когда вы подали заявление на РПП, вам на весь период рассмотрения этого заявления должны оформить РВП. Соответственно легальный статус на время рассмотрения заявки вам даёт именно это РВП, а не туристические 90 дней.