А подскажите, если компания перевезла сотрудников из РФ в Армению, кто по законодательству обязан доплачивать 17% за доход, полученный в России?

Однозначно сотрудник. В отличии от социальных отчислений( ПФР, ФСС, ФОМС) НДФЛ это налог с физического лица, работодатель только налоговый агент. Отщипывает от вашей зарплаты 13% и отправляет в налоговую. Все остальное он вам отдал, поэтому когда Вы стали нерезидент, подаете отчёт 3НДФЛ и возвращаете излишне полученные 17%.

Некоторые совестливые работодатели компенсируют какой нибудь премией, хотя бы частично. Ну и нерезидентом Вы становитесь если прожили за рубежом больше 180 дней в 2022, и платите только с источников российских.