Если ли какие-то проблемы с выездом из Казахстана, если провел здесь более 90 дней без РВП? Может кто-то сталкивался?

Проблемы с большой вероятностью могут быть, если просрочили лучше самим идти в миграционку, сознаваться и платить штраф. Иначе в аэропорту могут задержать при вылете и пропустите рейс. Чем меньше просрочка, тем мягче последствия будут.

На сколько просрочили пребывание?

Тем не менее, если предупреждение, то возможно тоже на границе будут мариновать и какой нибудь протокол составлять, так что лучше пораньше приехать. Либо если просрочка будет до 10 дней, то проще пойти в миграционку, оплатить штраф и уже на границе показать бумагу, что вы штраф оплатили сами.

Можно пройти протоколирования, заплатить штраф и заново подать на рвп.